Delprogram inom Sjöar och vattendrag

• Närsalttransporter i små vattendrag Följer halter och transporter av fosfor och kväve i vattendrag som mynnar i havet. 
• Öring och lax i vattendrag Med hjälp av elfiske övervakas utvecklingen av lax och havsöringbestånd.
• Flodpärlmussla/stormusslor Följer ett antal vattendrag med musselbestånd. I programmet ingår både att inventera musslorna och musslornas värddjur i form av fisk samt att mäta vattenkemin i vattendragen.
• Referenssjöar Följer bland annat försurningsutvecklingen i ett antal relativt opåverkade sjöar i länet som inte heller kalkas.
• Kiselalger i vattendrag - en indikator på utvecklingen av försurnings- och övergödningssituationen i vattendrag. Detta program är under utveckling och val av mätstationer m.m. kan förändras i framtiden.

Annan miljöövervakning inom programområdet

• Kalkeffektuppföljning För att få reda på att de kalkningsinsatser som görs i länet får avsedd effekt genomförs ett omfattande provtagningsprogram som består av både vattenkemi och biologi, främst fisk och bottenfauna.
  Kalkning
• Nationell övervakning Med syfte att följa utvecklingen av miljötillståndet i landets sjöar och vattendrag bedrivs ett antal nationella program av Havs- och vattenmyndigheten där lokaler från Västra Götalands län ingår i urvalet. Den nationella miljöövervakningen drevs av Naturvårdsverket fram till och med den 30 juni 2011.
  Naturvårdsverket
  Havs- och vattenmyndigheten
• Övervakning i Vänern För att följa tillståndet i länets och landets största sjö bedrivs ett omfattande övervakningsprogram.
  Vänern

Mer om sjöar och vattendrag i Västra Götalands län