Från den 1 januari 2009 övertar Länsstyrelsen ansvaret för all kontroll av djurskydd i hela länet. Jordbruksverket är central kontrollmyndighet i djurskyddsfrågor. Målet är att kontrollerna ska bli effektivare och mer likvärdiga över hela landet.
"Djur skall behandlas väl och skyddas mot onödigt lidande och sjukdom." Så lyder grundparagrafen i djurskyddslagen.
Efter nyår 2009 är det till länsstyrelsens djurskyddshandläggare man ska vända sig, om man tycker att en djurhållning är undermålig. Det är också djurskyddshandläggarna som sköter den rutinmässiga djurskyddskontrollen på lantbrukets djur, hästar och sällskapsdjur. Även djurpensionat, kennlar, zoologiska butiker, djur i djurparker och hägn ska kontrolleras. Vidare ska tillsynen också omfatta fiskodlingar, djur på slakterier och transporter av djur. Likaledes ska djur på cirkus och tävlingar med djur granskas.
De ordinarie kontrollerna kommer att bli avgiftsfria men länsstyrelsen kommer att ta betalt för de extra kontroller som föranleds av brister. Kontrollerna kommer att bli riskbaserade, vilket förenklat betyder att verksamheter där risken är stor att det kan finnas brister och verksamheter där brister har upptäckts, kommer att kontrolleras oftare.
Länsveterinären samordnar djurskyddskontrollen och är tillsynsvägledande. Länsveterinären har också, tillsammans med djurskyddshandläggarna, till arbetsuppgift att informera och ge svar på frågor från allmänhet, kommuner, massmedia, andra veterinärer med flera.
Till sin hjälp har djurskyddshandläggare och länsveterinärer övrig kompetens på länsstyrelsen, bland andra byggnadskonsulent och länsjurister.
Ansvaret för djurskyddet vilar, som alltid, på den enskilde djurhållaren.

Omhändertagande av djur
Det är länsstyrelsen och polismyndigheten som har möjlighet att omhänderta ett djur av djurskyddsskäl. Länsstyrelsen ska även i båda fallen besluta vad som ska hända med djuret. Det är polisen som ansvarar för den praktiska hanteringen av djuret och som verkställer länsstyrelsens beslut.
Verksamhet med djur
För de verksamheter som behöver tillstånd enligt djurskyddslagen kommer länsstyrelsen att ta hand om prövningen. Det gäller de som yrkesmässigt, eller i större omfattning håller, föder upp, upplåter, säljer eller tar emot sällskapsdjur eller hästar för förvaring eller utfodring.
Den som vill bedriva verksamhet med djur för livsmedelsproduktion ska registrera sig hos länsstyrelsen. Detta gäller bara om verksamheten inte är registrerad sedan tidigare hos kommunen.
Djurförbud
Länsstyrelsen ska fatta beslut om djurförbud för den som har misskött djur, dömts för djurplågeri eller visat sig uppenbart olämplig att ha hand om djur.
Länsrätten är överklagningsinstans för länsstyrelsens beslut i frågor som rör djurskydd.