Naturreservat och andra skyddade områden behöver skötas - förvaltas. Dels för att de höga naturvärdena ska bibehållas och förstärkas och dels för att göra områdena tillgängliga för besökare. Länsstyrelsen förvaltar de allra flesta reservat i länet, liksom nationalparker, säl- och fågelskyddsområden och naturminnen. Skötselåtgärder pågår ständigt och reservatsförvaltningen samordnar det omfattande arbetet.
För varje naturreservat som bildas skrivs också en skötselplan som beskriver reservatets naturvärden och hur de ska skötas.
Beroende på vilka naturtyper som ingår i naturreservatet krävs olika skötselåtgärder. I naturreservat med skog är "frihuggning" av gamla, grova ekar en vanlig skötselåtgärd. Eken är den livsmiljö som har flest arter knutna till sig, närmare 1500 stycken. Uppskattningsvis är det 400-500 olika lavar, mossor och svampar och antalet insektsarter bedöms vara någonstans mellan 800-900 stycken. Många av arterna har sin livsmiljö i den grova barken på solbelysta ekstammar. Eken är ett ljusälskande träd och om sly och andra träd får växa upp nära inpå trädet kan det ta skada och på sikt dö.
En annan skötelåtgärd i skogsmark kan handla om att i områden där naturvärden i första hand är knutna till lövträden, hugga bort barrträd som annars riskerar att konkurrera ut lövträden.
Död ved ger liv
Många gånger upplevs marken i naturreservatet som "skräpig" med omkullvälta träd och rishögar. Död ved är en bristvara i dagens skogar där man oftast plockar ut alla träd som faller för att använda till virke eller massaved. Samtidigt finns det många idag sällsynta växter och djur som är beroende av att det finns tillgång på död ved. Vissa skalbaggar lägger t ex sina ägg i murken ved, där sedan larverna utvecklas, ibland under flera år. En fallen granstam kan vara hem för många organismer under mer än 50 år. I många naturreservat lämnar man därför kvar döda träd och en viktig skötselåtgärd kan ibland vara att påskynda det naturliga förloppet genom att t ex ringbarka träd eller fälla träd som man sedan lämnar kvar i skogen.
Beroende av bränder
Naturvårdsbränning är också en skötselåtgärd som planeras för några av skogsreservaten. Förr i tiden var bränder i skogsmark vanliga. Att svedja i skogen var ett sätt att skapa nya odlingsytor. I mitten av 1700-talet upphörde bränderna i skogsmark i södra Sverige och först vid mitten av 1800-talet upphörde bränning av skogsmark i Hornsöområdet. Många arter anpassade sina livsvillkor efter eldens påverkan på skogen och dessa arter är idag mycket sällsynta. Genom att genomföra naturvårdsbränningar gynnas dessa arter. Frön av exempelvis svedjenäva (Geranium bohemicum) gror först efter att marken värmts upp till 40-50 grader. Efter mer än 130 år i jorden finns fortfarande livsduglighet kvar i fröna.