Hökesån klassas som nationellt särskilt värdefull för fisket och nationellt värdefull för naturvården. Ån kantas av ett flertal kulturhistoriska lämningar och i närmiljön växer bl.a. strutbräken, skogsstarr, lundarv och hässleklocka. Hökesån utgör lek- och uppväxtområde för Vätteröring och reproduktionsområde för Vätterharr. Även de rödlistade arterna flodpärlmussla och flodnejonöga förknippas med ån.
Klicka på de utmärkta områdena för mer information om respektive åtgärd
Kalkning i den övre delen av Hökesån började 1980. Efter 2005 har ingen kalk tillförts området eftersom ån har återhämtat sig. Kalkningen bidrar till att bevara bland annat den försurningskänsliga öringen och flodpärlmusslan i ån (se karta).
I Hökesån finns flera av människan skapade vandringshinder som försvårar eller omöjliggör för öringen att nå sina forna lekplatser. Idag pågår därför arbete med att på olika sätt skapa fria vandringsvägar så att öringen ska kunna nyttja större delar av sina ursprungliga lek- och uppväxtområden. Detta skulle öka produktionen av öringungar (smolt) som vandrar ut i Vättern och därmed vara positivt för fisket i sjön.

När samtliga Vätterbäckar är restaurerade kommer årsproduktionen av öring att öka med 37% vilket motsvarar ca 20 000 individer.
För information om fiskeregler i Vättern och Vätterbäckar, se regelblad (pdf).