Landshövding
Landshövdingen är länsstyrelsens chef och utses direkt av regeringen. Länsstyrelsens ledning består av landshövdingen tillsammans med ett länsråd.
Landshövdingen
Landshövdingen är regeringens företrädare i länet och utses ofta i ett sexårigt förordnande. Det kan förlängas om personen inte har uppnått pensionsåldern. En viktig uppgift för landshövdingen är att samordna den statliga verksamheten i länet. Landshövdingen ska även följa länets tillstånd och informera regeringen om länets behov.
Landshövdingar infördes i Sverige redan 1634, då Axel Oxenstierna delade in landet i olika kungliga områden (län).
Minoo Akhtarzand är landshövding i Jönköpings län sedan den 1 september 2010. Hon har haft ledande befattningar inom bland annat Vattenfall. Under åren har Minoo också arbetat som länsarbetsdirektör i Uppsala län och dessutom varit generaldirektör vid Banverket.
Länsrådet
I länet finns ett länsråd som leder det dagliga arbetet i Länsstyrelsen. Den personen fungerar också som landshövdingens närmaste medarbetare och ersättare när hon eller han inte är i tjänst eller har förhinder. Länsrådet utses av regeringen efter normalt rekryteringsförfarande.

Länsråd i Jönköpings län sedan 28 juni 2012 är Anneli Wirtén.