Storrödingen finns idag kvar i endast 14 relikta bestånd söder om Dalälven. Under 1900-talet har de sydsvenska storrödingbestånden minskat kraftigt i antal (70% minskning) och den nuvarande förekomstarean uppgår till drygt 2 000 kvadratkilometer. Enbart under det senaste decenniet har tre populationer dött ut, samtidigt som bestånden i Ören, Myklaflon, Sommen och Vättern minskat kraftigt. Storrödingen påverkas negativt av nätfiske, försurning, predation från gädda samt av konkurrens från sik, siklöja och lax. Ändringen i hotstatus från sårbar till hotad baseras på den dramatiska nedgången i fångsterna i Vättern, den enskilt största delpopulationen av arten, en minskning som kan betraktas som fortgående.

Vårsiklöjan finns förmodligen kvar endast i en sjö, Fegen. Den befaras minska ytterligare eller totalt försvinna inom en nära framtid om inte extraordinära åtgärder vidtas (i värsta fall kan den redan vara försvunnen). Arten är globalt rödlistad.