Länsstyrelsen och Fiskeriverket ger tillstånd och dispenser.
Fiskodling
För att anlägga en fiskodling krävs tillstånd från Länsstyrelsen, dels enligt fiskelagstiftningen och dels enligt miljölagstiftningen.
Utsättning av fisk och kräftor
För att flytta och plantera ut fisk och kräftdjur krävs ett tillstånd från Länsstyrelsen.
Fisketillsyn
Länsstyrelsen godkänner utbildningar för fisketillsyn och förordnar fisketillsyningsmän.
Yrkesfiskelicenser
För att få fiska med yrkesmässiga redskap på allmänt vatten krävs att man har en yrkesfiskelicens. Fiskeriverket beslutar om licenser men ansökan skall göras till Länsstyrelsen i det län man är skriven.
Redskapstillstånd/dispenser
För att erhålla dispens från vissa generella regleringar av fisket i Vättern krävs tillstånd/dispens. Dispens ges i huvudsak till licensierade yrkesfiskare. Det samma gäller tillstånd att sträcka fasta redskap ut i allmänt vatten.
Dispenser
Länsstyrelsen kan även ge dispenser för fiske med förbjudna metoder, exempelvis elfiske. Sådana dispenser ges enbart vid synnerliga skäl och oftast då fisket är av vetenskapligt syfte.
Ål - en hotad art i Jönköpings län
Tillstånd krävs enligt artskyddsförordningen (2007:845) för handel med levande exemplar av europeisk ål Anguilla anguilla.